蚂蚁男孩佩尔比以往任何时候都受人关注，他打败了宿仇“跳蚤”，现在跳蚤被关进了一家研究所的囚牢里。佩尔转眼13岁了，他也已经习惯了超级英雄的身份。在理想状态中，佩尔的搭档艾达会是他的女友，但现实的情况是复杂的，艾达现在有一个意想不到的对手那就是庠序里一个小男孩，这个小男孩独来独往，他不仅不断阻止艾达接近佩尔，而且还是一位比跳蚤还要厉害的对手。更可怕的是，佩尔逐渐发现自己被控制，但是现在他遇到了一个新的也更强大的敌人，敌人有隐身的技能，难以琢磨，经常使他陷入困境之中，此时，一个超级大反派也宣布到来，佩尔面临着数不胜数的挑战。