影片讲述距离1638年岛原之乱100年后，在日本德川家光时代发生的妖异英雄故事。在德川幕府时代，日本幕府统治开始走向没落，对农民的压迫也空前惨烈，其时又有西方宗教传入日本，忍辱含垢之下，暴发了农民起义，许多天主教农民官逼民反反对幕府的统治，史称“岛原之乱”，轰动了整个日本，大大地冲击了当时的当权者。
当时的起义在1638年暴发，不男不女的妖异少年天草四郎为首的天主教徒，聚集农民和天主教徒37000多万人发动了起义，攻击德川幕府的各地政权。起义军开始时所向无敌，连连击败幕府军队，攻下了几座城池，而且影响越来越大，参加进来的农民逐渐增多。德川幕府紧急调动各地诸侯的兵力12万镇压起义农民，起义军和幕府诸侯军队决战苦战3个多月后终因分庭抗礼而失败，起义军领袖、年青的天主教徒天草四郎也被幕府军队抓获，被判斩首示众，他死前却大声疾呼：我将像天主基督一样复活！